La guerra civil significó la desaparición del sistema de investigación en arqueología vigente desde 1907. A partir del proyecto del Instituto Arqueológico Nacional e Imperial impulsado por Julio Martínez Santa Olalla se creó en 1939 la Comisaría General de Excavaciones Arqueológicas. Pretendía concentrar en un único poder fuertemente ideologizado toda la actividad arqueológica del país. La arqueología del primer franquismo termina en una crisis personal e institucional que se fragua en 1954 y explota al año siguiente. El intento de presentar una cara más amable ante las democracias europeas propició la desaparición de la CGEA y el alumbramiento de un nuevo sistema controlado por los antiguos opositores que, de hecho, poco cambió, sólo fue un nuevo reparto de los apetitos del poder.